Dans un aquarium, la pompe est utilisée afin de brasser et d’aider à la remontée des décantes (l’eau devient plus limpide en laissant se déposer les impuretés). Elle n’est pas indispensable, mais dans un bac où les plantes sont nombreuses, la pompe évacue les sédiments qui s’accumulent au sol et devient vite nécessaire.